Xylella est arrivée en Italie d'une usine de café du Costa Rica, selon des chercheurs

Une équipe internationale de scientifiques a étudié la question persistante de savoir comment Xylella fastidiosa arrivé en Europe et adapté à son nouvel environnement.

L' étude, publié dans Microbial Genomics, apporte un éclairage nouveau sur l'origine de la bactérie Xylella fastidiosa et son évolution, tuant des millions d'oliviers dans les Pouilles.

Alors que la présence de la bactérie était à l'origine confirmé en Europe en 2013, il reste très peu d'informations sur la relation biologique entre les génotypes des bactéries et les espèces végétales hôtes, ce qui est particulièrement pertinent comme Xylella fastidiosa continue de se répandre à travers l'Europe.

En analysant une population de souches d'oliviers italiens et de génomes étroitement apparentés d'autres espèces et lieux de plantes, les chercheurs ont conclu que l'épidémie italienne avait été causée par un seul caféier importé d'Amérique centrale en 2008.

L'étude a duré cinq ans - de 2013 à 2017 - au cours desquels les scientifiques ont collecté des échantillons de brindilles de plus de 70 arbres atteints du syndrome de déclin rapide de l'olivier, la maladie causée par Xylella fastidiosa, en utilisant un nouveau protocole pour extraire l'ADN des arbres.

Les séquences génomiques de l'isolat de Xylella fastidiosa affectant les oliviers ont ensuite été comparées à trois isolats de café et de laurier-rose du Costa Rica, qui avaient été précédemment séquencés et étaient accessibles au public.

Des études antérieures – et de nombreux rapports de caféiers infectés par Xylella fastidiosa importés en Europe depuis l'Amérique centrale – ont identifié la même bactérie dans certains plants d'Amérique centrale. Cependant, il n'y avait aucune preuve scientifique de parenté génétique entre les isolats de café du Costa Rica et les isolats d'olivier du Costa Rica. Pouilles.

La comparaison des données des séquences génétiques rapportées dans l'étude a démontré que la bactérie Xylella fastidiosa des oliviers est directement liée aux variantes d'Amérique centrale.

Les données suggèrent également que la contagion s'est produite avec l'introduction d'un "caféier infecté asymptomatique, probablement importé en Italie comme plante ornementale.

L'étude a été menée par une équipe internationale comprenant des scientifiques des États-Unis, de France et d'Italie.

Parmi les auteurs, la biologiste italienne Maria Saponari du Conseil national italien de la recherche dans les Pouilles a été la première à détecter Xyella fastidiosa dans la région voisine du Salento en 2013.

"Auparavant considérée comme limitée aux Amériques, la détection de Xylella fastidiosa en Europe a soulevé de nouvelles inquiétudes dans le monde en raison de son potentiel hautement nocif », a-t-elle déclaré. "Le premier signalement confirmé en Europe en 2013 a été rapidement suivi par sa détection progressive dans plusieurs autres pays de l'UE.

"L'agent pathogène a progressivement étendu son aire de répartition géographique dans le monde entier ainsi que sa capacité à former de nouvelles associations avec des plantes hôtes », a-t-elle ajouté. "Dans ce cadre, nous avons utilisé un outil génomique pour étudier les processus conduisant une bactérie émergente vers une épidémie de maladie des plantes.

"En ce qui concerne en particulier la propagation de la bactérie dans le sud des Pouilles, les données génomiques nous ont permis de reconstituer l'émergence du syndrome de déclin rapide de l'olivier, qui a entraîné la mort de plusieurs millions d'oliviers, avec des conséquences environnementales, sociales, politiques et économiques importantes. ", a poursuivi Saponari.

"Notre analyse suggère que l'agent pathogène est arrivé en Italie avec une seule introduction en provenance du Costa Rica, confirmant que 2008 est l'année la plus probable où Xylella a été introduite en Italie », a-t-elle ajouté. "Ceci est cohérent avec les premiers rapports d'arbres infectés des agriculteurs des Pouilles en 2010, car la période d'incubation de la maladie peut durer plus de deux ans.

Les caféiers sont largement utilisés dans les jardins, les villas et les centres de villégiature : leur feuillage vert intense les rend idéaux pour décorer les espaces extérieurs.

"Alors que dans les régions plus froides, la plante est presque toujours gardée à l'intérieur; dans le Salento, il était très probablement gardé à l'extérieur, favorisant ainsi la contagion », a déclaré Saponari.

Pour prouver que Xylella fastidiosa aurait pu être transmise d'une espèce à une autre, les chercheurs ont également mené des expériences où ils ont inoculé la bactérie dans des plants de café et ont propagé l'infection aux oliviers de manière contrôlée en utilisant crachats, le vecteur naturel de Xylella fastidiosa.

"Les résultats montrent que les caféiers peuvent représenter un porteur latent de la bactérie », ont conclu les chercheurs.

• Génomique Microbienne
• Nature